Formado por edificações construídas em diferentes períodos e com variadas funções, o conjunto arquitetônico que abriga o MHN apresentava um enorme desafio para integrar todos os espaços de forma a permitir a livre circulação dos visitantes portadores de necessidades especiais.
Graças ao patrocínio da AAMHN foram instaladas rampas de acesso, corrimãos e plataformas móveis, viabilizando que se faça o circuito completo de exposições com conforto, segurança e independência.
Em 2005, a Comissão de Defesa da Pessoa Portadora de Deficiência da Assembléia Legislativa do Rio de Janeiro concedeu ao MHN o prêmio “Acessibilidade Nota 10”, em reconhecimento aos esforços empreendidos pela instituição para adequar seus espaços às pessoas portadoras de deficiência.